В центре повествования — возвышение и трагический закат могущественной династии Годуновых. История начинается с Ивана Грозного, где Борис Годунов, умный и осторожный царедворец, благодаря уму и браку сестры с наследником престола, Фёдором Иоанновичем, постепенно становится фактическим правителем государства. После смерти бездетного царя Фёдора в 1598 году Земский собор избирает Бориса царём, и семья достигает вершины власти.
Однако их правление омрачено страшным голодом, народными бунтами и главной тайной той эпохи — загадочной гибелью царевича Дмитрия в Угличе. Тень этого преступления преследует Годуновых. Когда в 1605 году Борис внезапно умирает, на Руси появляется Лжедмитрий I, объявивший себя «чудом спасшимся» царевичем. Его поддержка приводит к свержению и убийству юного царя Фёдора Борисовича и его матери, обрывая династию и погружая страну в хаос Смуты, который завершится лишь с воцарением Михаила Романова.